Når få mennesker i Danmark og få mennesker i andre lande samtidigt bliver ramt af en infektion på grund af fødevarebakterier fra samme fabrikant, opdager lægerne sikkert ikke, at der er en sammenhæng på tværs af landegrænserne. Hvis lægerne alligevel gør, sker det først efter lang tid, og i mellemtiden er der risiko for, at flere bliver syge. Det koster sundhedsvæsenet mange penge - og menneskeliv går måske tabt. I fremtiden vil man på få timer kunne opdage og reagere på sygdomsudbrud på tværs af landegrænser med hjælp fra en stor database. Der kan man udveksle og sammenligne data om bakteriestammers DNA, hvad enten det drejer sig om smitte fra fødevarer, dyr eller mellem mennesker.
DTU Fødevareinstituttet og DTU Systembiologi står i spidsen for et femårigt EU-projekt, der med 150 millioner kroner i hånden skal bygge en højteknologisk platform med supercomputere og dataprogrammer, der kan håndtere enorme mængder DNA-koder.
Nyskabende tilgang til sygdomsovervågning
DTU indviede i efteråret en ny supercomputer på DTU Risø, og den kommer til at spille en stor rolle i projektet.
En DNA-kode er unik og består ofte af op imod fem millioner tegn. Tanken er, at databasen skal kunne sammenligne koden med måske op imod en milliard andre DNA-koder for bakteriestammer.
- Det kræver megen computerkraft at kunne gøre det. Det nytter ikke, at man starter et analyseprogram og først får svar på eventuelt match 14 dage eller tre måneder senere. Det skal kunne køres på få minutter, siger projektleder og professor på DTU Fødevareinstituttet Frank Møller Aarestrup.
- I dag har vi ikke et sted, hvor vi kan udveksle og sammenligne så store mængder data. Det vil være fuldstændig fantastisk og nyskabende også på verdensplan, hvis vi får sådan en tilgang til sygdomsovervågning, siger han.
Central server til alle DNA-koder
Målet er, at man et hvilket som helst sted i verden kan logge på en server på internettet, vippe bakteriers DNA-koder ind og ved hjælp af supercomputere lynhurtigt får lavet en analyse af bakteriestammen.
Samtidigt sammenligner computerne DNA-koderne med alt muligt andet, som andre lægger på serveren.
På den måde kan man fx se, om den bakterie en patient døjer med i Nordjylland, er magen til den, som man har fundet på en fødevarefabrik i Indien.
Mulighed for her og nu-reaktioner
- I dag skal vi have en helt masse syge mennesker, og så skal vi finde ud af, at de har spist det samme. Den nye platform vil give helt andre muligheder, fordi vi kan sammenligne genomerne i realtid, siger Frank Møller Aarestrup.
- Vi er i stand til lynhurtigt at sige, at der er nogen, der bliver syge af det, der kommer derfra, fordi vi kan koble bakteriestammen fra en fødevarefabrik med bakteriestammen hos de smittede, siger han.
I projektet skal de 29 europæiske forskningsinstitutioner også udvikle værktøjer, som forskere, myndigheder, læger og organisationer verden over kan bruge til patientdiagnosticering og behandling og til udbrudsefterforskning. Projektet skal også finde frem til den optimale måde man advarer hinanden om faren ved forskellige sygdomsfremkaldende mikroorganismer.