Verdens 121. hurtigste computer står nu i to containere på DTU Campus på Risø i Roskilde. Den har kostet 40 millioner kroner, og nu glæder Anders Jacobsen Skanderup sig til at bruge den.
Han er postdoc på Københavns Universitet, Sektion for Bioinformatik og RNA biologi, og forsker i cancer.
- Vi arbejder med meget store datasæt og kigger efter mønstre i dem for at forstå sygdommen, siger han.
Kan speede cancerforskning op
Cancer er fejl, som opstår i celler. Og disse fejl kan være meget forskellige fra patient til patient. Så ikke alene skal cancerforskerne analysere genomet for mange mennesker, de skal også analysere en masse kræftsvulster.
- Så vi har brug for at kunne sammenligne meget store datasæt. Vi kigger på tusindvis af patienter, siger Anders Jacobsen Skanderup.
Lave priser giver flere data
- Prisen på at sekventere (analysere, red.) et genom er faldet drastisk de sidste 15 år, så genereringen af data eksploderer, fortæller Peter Løngreen, der er chefkonsulent og koordinator for det danske ELIXIR samarbejde på DTU. Han har stået for opbygningen af computeren.
- I Danmark har vi også mange patientdata og journaler, som vi gerne vil kombinere også med livsstilsdata, så vi kan lave sygdomsprofiler for de enkelte patienter, fortæller han.
Skræddersyet medicin
Supercomputeren skal blandt andet bruges til at forske i det lukrative marked inden for personaliseret medicin. Ved at sekventere og gemme det enkelte menneskes DNA-arvemasse, kan man forske i og udvikle medicin, som er skræddersyet til den enkelte patient.
Men den type forskning kræver ekstra meget plads. Modsat meget dataarbejde i fysik og astronomi, hvor man sletter de fleste data løbende, så er det nemlig vigtigt at beholde alle data, når man arbejder med biologi og DNA-kortlægning, fordi man skal bruge dem som reference i forskningen.
Derfor er supercomputeren bygget, så den nemt kan udvides med mere lagerplads og anden hardware.
Det er også tænkt ind i arealet på Risø, hvor computeren skal stå. For selvom computeren i dag ”kun” fylder 800 m2, så er der afsat 3.500 m2 til at udvide den med tiden.
Fra tre måneder til tre uger
Cancerforsker Anders Jacobsen Skanderup fortæller, at han for nyligt kørte et forsøg med analyse af 800 cancerpatienter og deres genom.
- Det tog tre måneder på tre meget kraftige computere. Det kan vi nu gøre på tre uger eller dage. Så kan vi køre forsøg igen og igen eller ændre på vores forsøgsopstilling løbende for at få de korrekte resultater.
- Jeg kan kigge på 10.000 patienter i stedet for 800, og det er nødvendigt for at forstå cancer som sygdom, siger han.
Del af europæisk samarbejde
Supercomputeren bliver koblet op på det europæiske samarbejde ELIXIR, der udveksler blandt andet gendata. Dermed kan nye lægemidler tage højde for, at italienere genetisk adskiller sig en lille smule fra danskere.
Foruden DTU indgår Københavns Universitet, Aarhus Universitet og Syddansk Universitet i ELIXIR-samarbejdet.
Konsortiet samarbejder derudover med en lang række danske virksomheder inden for medicin og industriel bioteknologi, herunder Lundbeck, Novo Nordisk, Novozymes og Exiqon.