De tre missiler, som Nordkorea i nat affyrede ud over Stillehavet, fløj 1000 kilometer ind i japansk luftrum.
Det bekræfter en talsmand for det sydkoreanske militær.
Affyringerne menes at være en reaktion på, at Sydkoreas præsident i går mødtes med Kinas leder ved G20-topmødet i den kinesiske by Hangzhou.
Kina er Nordkoreas primære diplomatiske allierede - og landets største handelspartner.
Det japanske forsvarsministerium siger i en udtalelse, at det betragter missil-affyringerne som en alvorlig trussel mod landets sikkerhed.
Ifølge en japansk erklæring, så mødtes den sydkoreanske præsident og den japanske premierminister under G20-topmødet kort efter affyringerne, og blev enige om at holde øje med situationen.
Det er anden gang på få uger, at Nordkorea affyrer missiler.
Affyringerne har forværret forholdet mellem Nord- og Sydkorea - og udløst international fordømmelse af det nordkoreanske styre.