Uroen ulmer i Danmark, da en mand ankommer til den nordjyske handelsby Aalborg i det tidligere efterår 1534.

Hans navn er Clement Andersen. Kort efter sin ankomst opsøger han byens indbyggere og finder de bønder, der har deres gang i byen. Han taler om oprør, rettigheder og frihed. De kan ændre deres liv, hvis de er klar til at kæmpe for det, fortæller han.

For Danmark er på randen af borgerkrig, og nu skal opgøret med den magtfulde adel tages. Clement Andersen er taget til det nordjyske for at få bønderne til at starte et oprør.

Han får hurtigt pustet liv i bøndernes indestængte afsky mod godsejerne og herremændene. De er klar til at rejse sig.

Clement Andersens succes blandt bønderne Nordjylland bliver det første skridt på vejen til det sidste bondeoprør i danmarkshistorien. Et oprør som finder sted under en blodig borgerkrig, der antændes af stridigheder blandt landets mest magtfulde mænd.

Det ligger ikke ligefrem i kortene, at Clement Andersen som søn af en bonde fra Vendsyssel skal ende som anfører for et oprør.

Men Clement Andersen er ikke som de fleste andre, og allerede som ganske ung forlader han fødeegnen for at blive først handelsmand og senere skipper - derfor bliver han kendt som Skipper Clement.

Mens Skipper Clement gør karriere til søs, når en anden mand, Johan Rantzau, til top i hæren.

Rantzau er søn af en embedsmand fra Holsten, og som ung studerer han krigskunst i både Spanien og England.

På trods af deres forskellige baggrunde skal de to mænds veje ende med at krydse hinanden, da opbrud og borgerkrig rammer landet. For Danmark befinder sig i et vakuum. Der er ingen konge på tronen, og uden konge er spillet om magten åbent.

Det udnytter rige handelsmænd i købstæderne, som vil forbedre deres position i samfundet. De vil gøre op med adlens altoverskyggende magt.

Det er på denne side, Clement Andersen befinder sig, og han bliver udvalgt til at starte bondeoprøret. Det er altså i kølvandet på købstædernes modstand, at bøndernes oprør starter.

På den modsatte side kæmper adlen og rigsrådet for at bevare deres magt. De har Johan Rantzau på deres side. Han nærer en dyb tro på det hierarkiske samfund, som han er vokset op i, og han vil gøre alt for at beskytte det eksisterende.

Borgerkrigen er brudt ud i lys lue i efteråret 1534, og modstridende hære rykker frem mod hinanden flere steder i landet.

I Nordjylland er tusindvis af bønderne gået med i Skipper Clements oprør mod herremænd og godsejere, og oprøret breder sig dag for dag.

Skipper Clement har ikke haft store problemer med at få rejst bønderne til oprør. Bønderne har alt at vinde. Deres nuværende situation er barsk og uden fremtidsudsigter.

En bondes liv er ikke et frit liv. Man bliver betragtet som ejendom og arbejdskraft, og dagene står på hårdt arbejde fra morgen til aften. Arbejde som først og fremmest kommer herremanden til gode, fordi det er hans jord og dermed hans afgrøder og høst.

Nu har borgerkrigen givet bønderne troen på, at de har muligheden for et nyt liv. De har angrebet herregårde og godser, og haft held med at jage adlen på flugt flere steder.

Det er et opgør med flere generationers miserable tilværelse som andres ejendom, og forandringerne er indenfor rækkevidde.

Adlen er blevet overrasket over bøndernes kampgejst, men nu er de klar til at gå til modangreb mod de oprørske bønder. De samler en rytterhær med flere tusinde mand og drager nordpå.

Ved Svenstrup syd for Aalborg har bønderne samlet sig på et bakkedrag. De har taget opstilling med våben og kanoner.

Det er et blodigt slag, der udspiller sig, da Skipper Clements bondehær tørner sammen med den adelige rytterhær. Kanonerne buldrer. Råb og skrig stemmer i med klinger, der mødes.

I Holsten når nyheden om adlens tabte slag ved Svenstrup Johan Rantzau. Han bliver irriteret. Han havde bedt den nordjyske adelshær om at vente, til han kom frem. Nu har de i stedet lidt et betydeligt og vigtigt nederlag.

For sejren har givet bønderne og ikke mindst Skipper Clement selvtillid. Mens det i starten kun var i Nordjylland, at bønder gjorde oprør, har de revolutionære tanker nu spredt sig ned langs vestkysten. Og i stedet for at gøre reel modstand, frygter herremændene bøndernes rasen.

Men det skal ikke gå dem godt længe. Johan Rantzau tror ikke på nederlag. Han er kompromisløs, når han drager i krig, og han tror på, at krig kan løse problemer.

Og bondeoprøret og Skipper Clement er et stort problem. De udfordrer samfundets orden. Derfor har Rantzau samlet sin hær, og mens vinteren slår ind over landet, begiver han sig nordpå med flere tusinde lejesoldater.

Han vil ikke risikere at gentage den nordjyske adelhærs fejlslagne angreb ved Svenstrup. De bliver nødt til at være flere, bedre og hurtigere end bønderne.

Som Rantzaus hær rykker op langs den jyske vestkyst, plyndrer og brænder de byer som hævn for de vestjyske bønders oprør. Det kan give dem en forsmag på, hvad der venter dem – og hvad straffen er, når man vover at rejse sig imod adlen.

Rantzau rykker hårdt frem, og ordet om den stærke hær af lejesoldater når hurtigt Skipper Clement, der forskanser sin hær bag Aalborgs høje bymure.

Rantzaus hær går til angreb, og som det første angriber de bymuren. På den måde kan de let trænge ind i byen. I Aalborgs smalle gader kæmper Rantzau og Clements hære mod hinanden. Men modsat slaget ved Svenstrup ser det denne gang sort ud for bondehæren.

Skipper Clement indser, at Rantzau er for stærk en modstander. Han forsøger at flygte fra byen, men bliver fanget.

Med Skipper Clement i fangenskab er oprøret uden leder og opløses hurtigt. Bønderne håber på, at deres oprør bliver glemt, inden borgerkrigen slutter.

Men da adlen med Rantzaus succes på slagmarken kan erklære sig som krigens vinder to år senere, er fortidens kampe alt andet end glemt. De, der kæmpede imod dem, skal straffes hårdt.

Alle bønder i Nord- og Vestjylland skal bevise, at de ikke deltog i
oprøret. Hvis de ikke kan det, skal de betale store summer penge for at undgå dødsstraf.

Det nye liv og samfund, der for få år siden syntes så tæt på for bønderne, er nu længere væk, end det nogensinde har været.

For Skipper Clement får nederlaget en dødelig udgang. Han bliver dømt til døden ved halshugning, inden hans krop skal parteres og lægges på hjul og stejle. Det er en af de hårdeste straffe, man kan blive dømt til.

Adlen sætter en ny konge på tronen. Hans navn er Christian den 3., og med ham som konge cementerer adlen sin stærke magt i samfundet. Som årene går, strammes grebet om bønderne kun mere og mere, og de rejser sig aldrig til oprør igen.

Der skal gå næsten 300 år, før demokratiske tanker strømmer mod Danmark og giver grobund for en lysere tilværelse for landets bønder.