Irak & Afghanistan-Kommissionen fik i 2012 fem år til at undersøge følgende onkring krigene i henholdsvis Irak og Afghanistan.
- Den primære opgave for kommissionen er at komme til bunds i, hvad der var årsagen til, at Danmark gik i krig i Irak. Kommissionen skal særligt redegøre for, på hvilket grundlag regeringen i foråret 2003 besluttede, at Danmark skulle deltage i krigen i Irak.
- Undersøgelseskommissionen skal for det andet undersøge og redegøre for, hvad danske styrker har foretaget sig i forbindelse med tilbageholdelsen af personer under krigene i henholdsvis Irak og Afghanistan. Kommissionen skal i den forbindelse undersøge, om Danmarks folkeretlige forpligtelser er blevet overholdt.
- Kommissionen skal også særligt undersøge, om VK-regeringen har fortiet oplysninger for Folketinget. Det har der blandt andet været rejst spørgsmål om, efter det har vist sig, at antallet af fanger i Irak er væsentligt større end den tidligere regering sagde.
- Kommisionen skal efter undersøgelsen afgøre, om der er grundlag for at forsøge at drage politikere, embedsmænd eller soldater til ansvar for handlinger i forbindelse med krigene i Irak og Afghanistan.